لا تعكس ألوان الفلفل الحلو المختلفة، من الأخضر إلى الأصفر والبرتقالي والأحمر، اختلاف الأصناف دائماً، إذ ترتبط في كثير من الحالات بمراحل مختلفة من نضج الثمرة، وهو ما ينعكس على مذاقها وقوامها وتركيبتها الغذائية.
ويكون الفلفل الأخضر عادةً أقل نضجاً، لذلك يتميز بقوام أكثر صلابة وطعم أقل حلاوة مع نكهة قد تميل إلى المرارة الخفيفة. ومع استمرار عملية النضج يتغير لون الثمرة بحسب الصنف إلى الأصفر أو البرتقالي أو الأحمر، فيما تزداد حلاوتها وتطرأ تغيرات على مستويات عدد من المركبات النباتية ومضادات الأكسدة.
ويُعد الفلفل الأحمر من الأنواع الغنية بعدد من الفيتامينات والمركبات النباتية المضادة للأكسدة، كما يتميز بمذاق أكثر حلاوة وقوام أكثر طراوة مقارنة بالفلفل الأخضر. أما الفلفل البرتقالي فيحتوي على كميات جيدة من الكاروتينات التي يمكن للجسم تحويل جزء منها إلى فيتامين A.
وبغض النظر عن اللون يظل الفلفل الحلو من الخضروات منخفضة السعرات الحرارية والغنية بالماء والألياف وفيتامين C ما يجعله إضافة مفيدة ومتنوعة إلى النظام الغذائي.
ويشير التنوع بين ألوان الفلفل الحلو إلى إمكانية الحصول على مجموعة مختلفة من المركبات النباتية والفيتامينات ضمن الوجبات اليومية فيما يبقى اختيار اللون مسألة مرتبطة أيضاً بالذوق ودرجة النضج وطريقة الاستخدام في الطهي.